دانشکده مهندسی پزشکی دانشگاه صنعتی سهند به عنوان دومین دانشکده مستقل مهندسی پزشکی کشور در سال ۱۳۹۶ تأسیس شده این درحالی است که اولین دوره از دانشجویان مهندسی پزشکی از سال ۱۳۷۶ در قالب دانشجویان مهندسی برق با گرایش بیوالکتریک، در مقطع کارشناسی تحصیل خود را در این دانشگاه آغاز کرده اند. این دانشکده که تنها دانشکده مهندسی پزشکی در شمال غرب کشور محسوب می شود، در حال حاضر در گرایشهای بیوالکتریک و بیومکانیک در کلیه مقاطع تحصیلی و در گرایش بافت در مقطع کارشناسی ارشد فعال است.